اساتید بزرگواری که ایشان در دروس دوره های مختلف تحصیلی محضر مبارک آنها را درک کرده است از این قرار می باشند:

اساتید محترم فقه و اصول

– مکاسب محرمه: آیت الله دوزدوزانی

– بیع: آیت الله پایانی(ره)، آیت الله العظمی سلطانی طباطبایی(ره)

– خیارات: آیت الله استادی

– رسائل و کفایه: آیت الله استادی، آیت الله موسوی بجنوردی(ره)

اساتید محترم فلسفه و عرفان

– منظومه حاج ملاهادی سبزواری(مقدمه قیصری؛ شرح تجرید): حجت الاسلام و المسلمین حسینی اسحاق نیا

– منازل السائرین: آیت الله انصاری شیرازی(ره)

– اسفار: آیت الله العظمی جوادی آملی(2 سال)

اساتید محترم خارج فقه و اصول

– مکاسب محرمه: آیت الله العظمی فاضل لنکرانی(ره)(1 سال)

– مسائل مستحدثه: آیت الله العظمی فاضل لنکرانی(ره)(قریب 1 سال)

– خیارات: آیت الله العظمی وحید خراسانی(3 سال)

– خمس، نکاح: آیت الله العظمی شبیری زنجانی(ره)(جمعا 5 سال)

– طهارت و خمس: آیت الله محقق داماد(6 سال)

– اصول فقه: آیت الله محقق داماد(11 سال)

ایشان همچنین در محضر اساتید بزرگواری نظیر: آیت الله العظمی موسوی اردبیلی(ره)، آیت الله العظمی یوسف صانعی(ره) و آیت الله محمد مومن(ره) نیز به تلمذ نشسته است.

سید حسن خمینی در جایگاه مدرس حوزه علمیه

سید حسن خمینی مدتی بعد از ورود به حوزه علمیه قم(سال 1371) در مدرسه کرمانی ها تدریس مقدمات را شروع و در مدت 8 سال کتاب هایی نظیر: جامع المقدمات، سیوطی، مغنی اللبیب و مختصرالمعانی، معالم، شرح لمعه، منطق مظفر را تدریس کرده از سال 1379 به مدت 10 سال به تدریس سطوح عالی پرداخته و در این مدت تدریس کتاب هایی نظیر: رسائل، مکاسب محرمه، بیع، خیارات و کفایه را در کارنامه فعالیت های خود دارد و بعضی از این کتب را حتی 2 یا 3 بار به تدریس نشسته است.

درس فلسفه ایشان که با تدریس کتاب منظومه مرحوم ملاهادی سبزواری از سال 1385 شروع شد، در آبان سال 1391 به پایان رسید. چنان‌که از آذر ۱۳۹۱ تا اسفند ۱۳۹۲، مقدمه قیصری بر شرح فصوص‌الحکم را تدریس کرده‌است.

تدریس خارج فقه آیت الله سیدحسن خمینی از سال تحصیلی 1392 با موضوع مکاسب محرمه شروع شده و هم اکنون در محل مدرسه دارالشفای قم ادامه دارد و کلاس درس وی از کلاس‌های پررونق حوزه علمیه قم است.