سفارشات مداوم حضرت امام و پدر بزرگوار سید حسن آقا بالأخره نتیجه بخش شده و ایشان در سال 1368 تحصیلات حوزوی خود را شروع می کند و چهار سال بعد یعنی یکسال قبل از فوت مرحوم سید احمد آقا (قده) رسماَ به لباس روحانیت ملبس می شود.

وی ابتدا در مدرسه رضویه و مدرسه کرمانی ها مقدمات را خوانده و از سال 1372 به تحصیل در سطوح عالی می پردازد و تمام این مدت را در منزل پدر بزرگ خود یعنی مرحوم سلطانی طباطبایی (قده) و تحت نظر ایشان می گذراند.

اساتید بزرگواری که ایشان در دروس دوره های مختلف تحصیلی محضر مبارک آنها را درک کرده است از این قرار می باشد.

الف- فقه و اصول
– مکاسب محرمه: آیت الله دوزدوزانی
– بیع: آیت الله پایانی (ره)، آیت الله العظمی سلطانی طباطبایی (ره)
– خیارات: آیت الله استادی
– رسائل و کفایه: آیت الله استادی، آیت الله موسوی بجنوردی

ب- فلسفه و عرفان
– منظومه حاج ملاهادی سبزواری: مقدمه قیصری؛ شرح تجرید حجت الاسلام والمسلمین اسحاق نیا
– منازل السائرین: آیت الله انصاری شیرازی
– اسفار (2 سال) آیت الله العظمی جوادی آملی

ج- خارج فقه و اصول
– مکاسب محرمه (1 سال) آیت الله العظمی فاضل لنکرانی (ره)
– مسائل مستحدثه (قریب 1 سال) آیت الله العظمی فاضل لنکرانی
– خیارات (3 سال): آیت الله العظمی وحید خراسانی
– خمس؛ نکاح (جمعا 5 سال): حضرت آیت الله العظمی شبیری زنجانی
– اصول فقه (11 سال)، طهارت و خمس ( 6 سال): آیت الله محقق داماد.
ایشان همچنین در محضر اساتید بزرگواری نظیر: آیت الله العظمی موسوی اردبیلی، آیت الله العظمی صانعی و آیت الله مؤمن نیز به تلمذ نشسته است.

سید حسن خمینی در جایگاه مدرس حوزه علمیه
سید حسن خمینی دو سال بعد از ورود به حوزه علمیه قم (سال 1370) در مدرسه کرمانی ها فعالیت در زمینه تدریس مقدمات را شروع و در مدت 8 سال کتاب هایی نظیر: جامع المقدمات، سیوطی، مغنی اللبیب و مختصرالمعانی، معالم، شرح لمعه، منطق مظفر را تدرس کرده از سال 1379 به مدت 10 سال به تدریس سطوح عالی پرداخته و در این مدت کتاب هایی نظیر: رسائل، مکاسب محرمه، بیع، خیارات و کفایه را در کارنامه فعالیت های تدریسی خود دارد و بعضی از این کتب را حتی 2 یا 3 بار به تدریس نشسته است.
– درس فلسفه سید حسن آقا که با تدریس کتاب منظومه مرحوم ملاهادی سبزواری از سال 1385 شروع شده بود، و در آبان سال 1391 به پایان رسید.
– تدریس خارج اصول حجت الاسلام والمسلمین سید حسن خمینی از سال تحصیلی 90-1389 شروع شده و هم اکنون در محل مدرسه دارالشفای قم ادامه دارد و کلاس درس وی از کلاس های پر رونق حوزه قم است.